Dom Zakonny Ojców Jezuitów, ul. Piotra Skargi 10

Wobec konieczności zamknięcia dotychczasowych ośrodków jezuickich studiów zakonnych w Krakowie i Lublinie, decyzją prowincjała o. Władysława Lohna SJ od listopada 1939 r. zorganizowano tu studia dla scholastyków z II i III roku filozofii. Od roku akademickiego 1940/1941 odbywano tutaj cały kurs filozofii (trzy lata) oraz ostatnie dwa lata (trzeci i czwarty) teologii. W ciągu 6 lat istnienia nowosądeckiego studium zakonnego zaszły jeszcze dwie zmiany: od roku akademickiego 1943/1944 teologię przeniesiono do Starej Wsi, ale w roku kolejnym do Nowego Sącza wrócili studenci roku pierwszego i czwartego.

Zakład dla Ubogich Chłopców, ul. Kraszewskiego 37

Działał tutaj, urządzony przez kierownika Zakładu Henryka Stamirskiego, jeden z punktów tajnego nauczania.

I Gimnazjum i Liceum im. Jana Długosza, ul. Długosza 5

We wrześniu 1939 r. budynek został zajęły przez oddziały Wehrmachtu i przez ponad rok służył im za koszary. Od października 1941 r. do kwietnia 1944 r. był siedzibą szkoły Policji Polskiej Generalnego Gubernatorstwa (Polnische Polizeischule), tzw. policji granatowej. W ostatnich miesiącach okupacji ulokowano w nim niemiecki szpital wojenny, a w styczniu 1945 r. opuszczony przez Niemców lazaret zajęła Armia Czerwona.
W gmachu szkoły na pierwszym piętrze znajdują się dwie tablice memoratywne upamiętniające nauczycieli i wychowanków I oraz II Gimnazjum, którzy zginęli w czasie wojny.

Budynek tzw. „Ciuciubabki”, siedziba szkół powszechnych im. Klementyny Hoffmanowej i im. Stanisława Konarskiego, ul. Jagiellońska 61

We wrześniu 1939 r. znajdował się tu szpital dla żołnierzy polskich, zajęty następnie przez Niemców, którzy szpitalne funkcje tego budynku przywracali jeszcze dwukrotnie: po agresji na ZSRS w czerwcu 1941 r. i od jesieni 1944 r.; ostatecznie został w styczniu 1945 r. zajęty przez Sowietów. Był on również krótkotrwale (na kilka dni) wykorzystywany jako kwatery dla wojska jesienią 1941 r. i wiosną 1942 r.
Przejściowo swoją siedzibę miały tu także inne szkoły powszechne.
W hallu budynku umieszczono tablicę upamiętniającą nauczycieli, którzy zginęli w czasie okupacji.

II Gimnazjum i Liceum im. Bolesława Chrobrego, ul. Jagiellońska 63

Przez cały okres okupacji budynek służył jako koszary, a pod koniec wojny jako szpital, najpierw niemiecki, a od stycznia 1945 r. sowiecki.

Gimnazjum i Liceum Żeńskie im. Marii Konopnickiej, ul. Żeromskiego (dawniej Morawskiego)

W 1940 r. urządzono tu niemiecką szkołę powszechną.

Szkoła Powszechna im. Królowej Jadwigi, ul. Jagiellońskiej 32

Od września 1939 r. do końca 1945 r. budynek zajęty był przez wojsko, najpierw niemieckie, następnie sowieckie.
Szkoła Powszechna im. Jana Kochanowskiego, ul. Jana Kochanowskiego 3
Po wakacjach 1944 r. budynek był zajęty przez wojsko. Jako jedyny budynek szkolny całkowicie spłonął w wyniku działań zbrojnych w styczniu 1945 r.

Budynek przy ul. Narutowicza 2

Zmagazynowane tu zostały zbiory, pomoce naukowe i księgozbiór kilku szkół. Klucze do magazynów potajemnie dorobił Feliks Rapf i regularnie wynosił część podręczników i lektur, kolportując je wśród nauczycieli prowadzących tajne nauczanie.

Dom Parafialny „Świt”, ul. Ducha Świętego 2

Od 1942 r., wraz z księgozbiorem Biblioteki Miejskiej im. Józefa Szujskiego, przechowywano tu część biblioteki I Gimnazjum i Liceum im. Jana Długosza.

Dom przy ul. Tatrzańskiej 10

W domu prof. Franciszka Wzorka przechowywane były komplety podręczników do klas I-IV gimnazjum, wykorzystywane w tajnym nauczaniu. Na przełomie lat 1939/1940 działał tu punkt etapowy, gdzie schronienie znajdowali uchodźcy.

Dom przy ul. Jagiellońskiej 38

Mieszkanie prof. Mieczysława Wieczorka przy ul. Jagierllońskiej było centrum koordynacji tajnego nauczania w regionie.

Szkoła krawiecka, ul. Morawskiego 2

Od jesieni 1939 r. mieściła się tutaj Szkoła Krawiecka (Handwerkerschule für Schneiderei mit Polnischer Unterrichtssprache), kontynuująca tradycje Żeńskiej Szkoły Przemysłowej, założonej i prowadzonej przez Bolesława Barbackiego. Pierwszym kierownikiem szkoły był Bolesław Barbacki, a po nim Stefania Czernecka. W roku szkolnym 1940/41 organizowano tu Kursy Przygotowawcze do Szkół Przemysłowych i Technicznych (Vorbereitungslehrgänge für Fachschulen), kierowane przez Jana Gottmanna i Jana Weimera. Od 1 września 1941 r. pod kierunkiem Stefani Czerneckiej i Jadwigi Styczyńskiej działała tu także Miejska Szkoła Gospodarcza (Städtische Haushaltungsschule).

Biały Klasztor sióstr niepokalanek

Od września 1940 r. działała tu Państwowa Szkoła Handlowa (Staatliche Handelsschule), kierowana przez Jana Witka i Emila Stanoszka, gdzie urządzano również jednoroczne kursy przygotowawcze do pracy w administracji.
Kontynuowała działalność szkoła zawodowa sióstr niepokalanek. Prowadzono tu zakrojoną na szeroką skalę akcję tajnego nauczania. Działała tu III Tajna Komisja Egzaminacyjna, kierowana przez s. Beatę Włoszczewską.
Okresowo uczyli się tu uczniowie innych szkół powszechnych, lokowano tu rannych, chorych, przesiedleńców, magazynowano zboże.

Filia I Gimnazjum i Liceum im. Jana Długosza przy ul. Kopernika

Od września 1940 r. do czerwca 1944 r. pod kierunkiem inż. Maksymiliana Geislera, którego zastępcą był Feliks Rapf, działała tu Okręgowa Rzemieślniczo-Kupiecka Szkoła Zawodowa (Gewerbliche und Kaufmännische Kreisberufsschule).

Kamienica przy ul. Długosza 11

Od września 1940 r. do czerwca 1944 r. pod kierunkiem inż. Maksymiliana Geislera, którego zastępcą był Feliks Rapf, działała tu Okręgowa Rzemieślniczo-Kupiecka Szkoła Zawodowa (Gewerbliche und Kaufmännische Kreisberufsschule).
W pracowni fizycznej prof. Feliks Rapf prowadził komplety tajnego nauczania – odbywały się tu również egzaminy przed Tajną Komisją Egzaminacyjną.